バイオインフォマティクス（Bioinformatics）[0080]

＜学位授与の方針＞

○	1. 基礎知識の習得
◎	2. 専門分野知識の習得
	3. 汎用的問題解決技能
	4. 道徳的態度と社会性
	5. 創成能力

＜授業のねらい＞

生物という複雑な対象を研究するには、データを蓄積し、それを解析することで、体系や規則を抽出し、新しい知識を得るというアプローチが重要である。とくに、データが大量かつ多様に発生している現代の生命科学において、情報科学は非常に大きな役割を担っている。本集中講義では、生命科学と情報科学の融合により登場したバイオインフォマティクスの基礎を学修する。

＜受講にあたっての前提条件＞

指定の参考ホームページと参考書をよく読み、その他の入門書などを調べて専門用語に慣れておくこと。

＜具体的な到達目標＞

生物データベース、ゲノム情報解析、ホモロジー検索、進化解析、モチーフ解析、タンパク質構造の解析、遺伝子発現情報解析、システム生物学など、バイオインフォマティクス分野全般にわたる基礎的なことがらを修得する。

＜授業計画及び準備学習＞

分子生物学の導入から、豊富な実例の提示と実習を交えながら講義する。
３日間の集中講義を予定しており、そのうち２日を清水謙多郎、１日を橘完太が担当する。
・バイオインフォマティクス概論
・ゲノムブラウザによるヒトの遺伝子の閲覧
・ゲノムデータの解析
・遺伝子配列、アミノ酸配列の比較・解析
・タンパク質のアミノ酸配列からの機能予測、情報量、情報エントロピー
・生物の進化の解析
・タンパク質の構造と機能（分子グラフィックス、タンパク質の構造予測、構造比較）
・生物のネットワーク解析
・文献情報検索、統制語彙、オントロジー、セマンティックWeb
・ベイズ理論の基礎
・パターン認識アルゴリズムの基礎

＜成績評価方法及び水準＞

原則として、講義の途中で理解を確認するためのテスト（主に実習をしながらの確認）を行う。テストの評点が60点以上の者に単位を認める。60点に僅かに達しなかった者にはレポート提出を認め、レポートの内容が単位認定相当と判断される場合には最終成績を60点とする。実習を伴うため、講義への出席を重視する。

＜教科書＞

自作の講義資料を使用する。

＜参考書＞

共立出版「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」（橘担当分）
清水先生担当分は初回講義時に紹介される。

＜オフィスアワー＞

メールで問い合わせて下さい。いつでも結構です。

＜学生へのメッセージ＞

バイオインフォマティクスの分野全般にわたって基礎的なことを学んでもらいます。実習を通して、最新の研究内容に接することで、バイオインフォマティクスのおもしろさを理解してもらえれば、と思います。大学のPCを使用して講義しますが、講義中、PCを使って関係ない作業をしたり、私語を続けたりする人は、講義への参加をお断りしています。
学則第17条に明記のとおり1単位あたり45時間の学習が必要です。本集中講義は2単位ですので学習時間は3日間の講義時間を含め90時間となります。3日間だけで済まそうと思うと1日24時間を超えますので、事前の予習をしっかりしておいてください。参考ホームページと参考書を通読し、その中で生じた疑問を自分で調べておくこと。

＜参考ホームページアドレス＞

http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~shimizu/