バイオインフォマティクス（Bioinformatics）[0080]

＜授業のねらい及び具体的な達成目標＞

情報科学的手法を用いて、生命現象の解明を目指すバイオインフォマティクスの基礎を講義する。バイオインフォマティクスで用いられている主要なアルゴリズムや手法を、具体的なシステムの使用法を含めて、習得することを目標とする。

＜授業計画及び準備学習＞

1. 分子生物学の基礎
2. バイオインフォマティクスの概要
3. 配列アラインメントとホモロジー検索
4. タンパク質機能データベースとモチーフ解析
5. 進化系統樹解析
6. 遺伝子発見と比較ゲノム
7. 遺伝子発現情報解析および遺伝子ネットワーク解析
8. タンパク質構造データベースとタンパク質の構造モデリング
9. タンパク質の構造分類、構造比較
10. タンパク質間相互作用予測と複合体モデリング
11. 分子のポテンシャルエネルギーと分子力学法
12. 分子動力学法とモンテカルロシミュレーション
13. システム生物学概論

＜成績評価方法及び水準＞

原則として、講義の最後に基礎を問う試験を実施し評点が60点以上の者に単位を認める。60点に僅かに達しなかった者にはレポート提出を認め、レポートの内容が単位認定相当と判断される場合には最終成績を60点とする。

＜教科書＞

自作の講義資料を配付する。

＜参考書＞

講義の際に紹介する。

＜オフィスアワー＞

情報科学を専攻する学生を対象とし、生物（バイオ）の知識は前提とせず（必要最小限の基礎をにとどめ）、主に、情報学（インフォマティクス）の立場から講義を行う。また、バイオインフォマティクスは基本的に手法の学問であり、この講義では、情報科学の分野で重要な、ダイナミックプログラミング、パターン認識、機械学習、最適化、クラスタ分析、離散シミュレーションなどの技術を解説する。

＜参考ホームページアドレス＞

http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~shimizu/

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